html body {

margin-top: 28px !important;
}
こんな感じです。
原因はバージョン3.1から新たに導入された「管理バーの表示」という機能のようです。
対処方法

・管理画面での対処
デフォルトでは「管理バーの表示」がオンになっていますので、オフにしてやれば解決できます。
設定は
「左メニューのユーザー」>>「ユーザーを選択」で設定画面を開き、
「管理バーの表示」の「サイトを表示する際」のチェックを外します。
これで、ログインした状態でページを見ても隙間は空きません。

・関数による対処
上記の方法だと、　ユーザーを作る度に設定を変える必要がありますが、functions.phpに次の1行を追加したら機能させないようにできます。
?
1
add_filter( 'show_admin_bar', '__return_false' );
以上！